Interjet fue fundada  por la empresa mexicana Grupo Alemán  el 1 de diciembre de 2005 con una flota de siete Airbus A320 que habían sido propiedad de la línea Volare Airlines en Italia. El objetivo era crear una aerolínea que brinde la mayor cobertura para vuelos domésticos  de bajo costo.

Años más tarde la compañía incorporó 16 nuevos Airbus A320-200 y en 2010 se sumaron otras 10 aeronaves a la flota. El 23 de octubre de 2007 la aerolínea dio un paso al frente al recibir la certificación IOASA otorgada por la IATA que garantiza que la empresa  posee estándares de calidad y seguridad de nivel mundial. Cuatro años después, Interjet realiza el primer vuelo de América (y cuarto a nivel mundial) que utiliza biocombustible en la ruta aérea de Ciudad de México- Tuxtla Gutiérrez. Actualmente la compañía opera en 4 países con más de 37 destinos siendo la empresa líder en vuelos regionales de bajo costo con aviones de alta gama y servicios de primera categoría.